Liquidación de bienes gananciales. Vivienda privativa

Cuando nos conocimos en 1994 mi ex mujer y yo, ella había dado la entrada a una vivienda de nueva construcción, y estaba solo a su nombre, pero nos fuimos a vivir juntos desde el primer día que nos dieron las llaves, eso fue en 1995.

Poco después, compramos a medias un trastero del edificio.

La hipoteca estaba solo a nombre de ella, pero en esa cuenta, donde le cargaban todas las cuotas de hipoteca, yo estaba como segundo titular. En esa cuenta ella cobraba su nómina y se pasaban suministros de la vivienda.

En una cuenta donde yo era titular y ella autorizada, se pasaban el resto de gastos. Coche, gasoil,, comida, ropa, vacaciones, reparaciones, gastos del hijo el común (nació en el 2001).

En el 2002 nos inscribimos como pareja de hecho.

En el 2003, contratamos un préstamo hipotecario sobre el piso, y con el importe que nos dieron, utilizamos la mitad para amortizar lo que quedaba de pagar de hipoteca del piso y utilizamos la otra mitad para dar la entrada del chalet de nueva construcción que íbamos a comprarnos.
Con ese crédito hipotecario, abrimos una cuenta en un nuevo banco donde los dos eramos titulares y desde ese momento los dos cobráramos allí nuestras nóminas, y se pasarab todos los gastos y suministros del piso, así como la cuota de esta hipoteca conjunta.

En el 2004 nos casamos por bienes gananciales.
En el 2005 vendemos el piso, y en las escrituras de compra venta aparecemos los dos, ya que ella vende el piso y a la vez vendemos el trastero.

Ella ingresa en la cuenta común el dinero de la venta del piso y poco después amortizamos lo que quedaba por pagar de ese crédito hipotecario que abrimos en el 2003 sobre el piso.

En el 2006, abrimos un nuevo crédito hipotecario para acabar de pagar la compra del chalet.

Esta nueva vivienda se escritura al 50 % porque ambos consideramos que todo lo pagado del piso y la venta nos corresponde a los 2, ya que todo lo pagábamos a medias.

Queremos iniciar los tramites de la liquidación de bienes gananciales, pero ella quiere reclamar que todo lo sacado de la venta del primer piso, al ser piso privativo es de ella.

Se que ha salido una sentencia del supremo que da la razón a un caso similar, pero supongo que no se puede generalizar.

Necesito saber si ella tiene razón y lo tengo todo perdido, o si puedo pelearlo.

En su día nos casamos en gananciales y escrituramos al 50 % porque realmente ella consideraba que era de los dos y lo habíamos pagado entre los dos.

Si le dan la razón a ella, supondrá que de la venta del chalet familiar yo me quede sin nada, después de estar tantos años pagando.
¿Alguien podría ayudarme?