Lo primero recomendarle se ponga en manos de un experto que le estudie su caso concreto y le ayude.
Hay que conocer cual es su negocio en concreto, no es lo mismo vender servicios, que bienes, ni que la venta sea a particulares o a empresarios o profesionales. Incluso que sus venta sean en España, que a la UE, que al resto del mundo... Y como este usted dado de alta en Hacienda, que marcara sus obligaciones fiscales y contables.
Como norma general, aunque usted no tuviera obligación de hacer una contabilidad conforme al código de comercio, si resulta interesante hacerla así. En cuanto al tema de las facturas, puede encontrar información en el Reglamento de Facturación. https://www.boe.es/buscar/act.php?id=BOE-A-2012-14696
Le recomendamos que un profesional se encargue de su contabilidad y fiscalidad, para evitar problemas.