¿Cómo rectifico la conducta de mi perro?

A ver, hace unos meses adopté un perro que llevaba 5 años (su edad) atado en un terreno solo, solamente le daban de comer y se iban. El perro llegó a casa y se comportaba genial, si es cierto que un poco débil porque tiene leishmaniosis y erliquiosis, no rompía nada, lo único que hacía es mearse en casa de vez en cuando. Es un perro mezclado con pastor alemán, el problema es que le estamos tratando las enfermedades con las pastillas correspondientes y además lo hemos castrado porque no era capaz de "controlarse". Ahora si lo acaricio a veces me muerde, o si acaricio a otro de mis perros (que tengo desde cachorrito) me ladra. No se por qué se comporta de forma agresiva, me produce mucha desconfianza y ya no se cuando puedo o no puedo acariciarlo.