Lo primero recomendarle se ponga en manos de un experto que le ayude con su caso concreto. Si lo desea puede encontrar información de nuestro despacho jurídico, fiscal, laboral y contable en nuestra web. Trabajamos con muchas entidades similares.
Las cuotas de socio, están exentas de IVA, siempre que no se trate de un pago a cambio de un servicio. Una actividad extraescolar parece un servicio (actividad económica). Y por lo tanto, aunque usted tenga una entidad sin animo de lucro, realiza una actividad económica, que puede estar sujeta a IVA (regla de prorrata) y además estaría como parcialmente exento en el Impuesto de Sociedades, pero tendría que pagar por los beneficios de la actividad económica.
Se contabilizaría igual que cualquier ingreso por prestación de servicio, al no ser una cuota de socio.