I. Hola Compañero, aunque en mi caso no soy urólogo ni experto, gracias a haber leído otros casos similares al suyo opino que puede tratarse de una siempre irritación del meato uretral (meato urinario), en consecuencia se abría inflamado, puedes tomar muchos líquidos con fruta (cítricos) como naranja o limón, además (según comentó un compañero), de poder tomar un antiséptico urinario, compuesto de Nitrofurantoina (100 mgrs 2 veces al día durante días y con esto deberían remitirá las molestias, aunque lo ideal sería consultar con un especialista.
Cuando el ardor se localiza dentro del meato urinario, (tambien a veces cuando se da por fuera, en la superficie) podría tratarse de una leve infección, como por ejemplo una uretritis, que como sabrá suele ser la más común
https://es.wikipedia.org/wiki/Uretritis.
Sin embargo existe la variante "irritativa" que es un poco diferente, aquí tratada por un experto,
¿Hongos o herpes genitales?.
Por desgracia no conozco más al respecto de las molestias y el picor, pero ya sobre la mancha o posible pigmentación, si bien tampoco puedo decirle demasiado, hay un cuadro llamado 'hiperpigmentación benigna' o 'melanosis', también compatible creo con lo que le ocurre y del que si lo desea podría encontrar amplia información en estos artículos, a nivel de texto e imágenes,
http://www.actasdermo.org/es/maculas-melanoticas-del-pene/articulo/13112423/
http://www.actasdermo.org/es/maculas-atipicas-pigmentadas-del-pene/articulo/13092546/
Pienso que ante las lógicas y posibles dudas, y a falta de que responda un experto, podría solicitar a su equipo médico una prueba de dermatoscopia -analítica de la superficie de la piel- en su médico de cabecera o urólogo particular, ya que ofrece una fiabilidad muy elevada.
Existen, para lesiones benignas muy similares, pomadas recomendadas por médicos como 'Imiquimod' principalmente, capaces de reducir esta sobrepigmentación coloración, podría también consultarlo con su especialista. Lamento no saber arrojar más datos, ojalá pueda contestarle en breve alguien más preparado, mucho ánimo.