Desviaciones en casa nueva respecto a proyecto

Tenemos una vivienda comprada sobre plan que está en las etapas finales de construcción. En visitas a la obra (no al interior) hemos detectado desviaciones significativas sobre el proyecto (cambios en tamaños de ventana, ausencia de persianas donde debía haberlas). Hemos consultado a la inmobiliaria sobre ellas e informalmente nos informan de que efectivamente la obra se realiza así (distinta al proyecto).

La pregunta es sobre cuándo es el momento oportuno para reclamar formalmente estas desviaciones, entendiendo que en algunos casos son irreparables y procederá reclamar una indemnización. Por un lado ya tenemos certeza de que existen, pero por otro hasta que no tomemos posesión de la vivienda no se si podríamos reclamar nada formalmente. O, por otro lado, si perdemos algún derecho si escrituramos conociendo estas desviaciones.

Nos ayudaría mucho cualquier recomendación sobre la mejor forma de proceder de alguien con experiencia en derecho inmobiliario.