A ver la depuradora debe de funcionar cuando la bomba de calor este operativa puesto que si no no habría recirculación de agua y no se calentaría la misma.
Ágora bien, la depuración del agua tiene unos tiempos propios en base a la capacidad de tu piscina y la suciedad que pueda llegar a tener. Lo mínimo de funcionamiento de la depuradora seria unas 6-8 horas día. Durante ese tiempo sera en el que la bomba de calor actuara y es probable que durante esos ciclos la bomba de calor se apague y encienda según las necesidades de temperatura que se necesite alcanzar y los propios ciclos de funcionamiento de la maquina.
Por lo tanto si es correcto que la bomba de calor pare si el agua alcanza la temperatura de consigna y la depuradora siga funcionando dentro del ciclo programado, porque una cosa es calentar el agua y otra depurarla.
Entiendo que el reloj programador, bien a través de uno o de dos contactores, da corriente al mismo tiempo a la depuradora y a la bomba de calor. Lo que pasa es que la depuración es continua durante el ciclo de funcionamiento programado y el de la bomba puede alternar durante ese mismo ciclo entre funcionamiento o no funcionamiento, dependiendo de la gestión que realiza la propia bomba y del termostato de control de temperatura.