Te copio las consecuencias del incumplimiento de preaviso a la empresa en una baja voluntaria, "de un día para otro":
¿Qué consecuencias se derivan de la baja voluntaria sin preaviso?
Es importante recordarle a tus empleados que, en caso de pedir la baja voluntaria sin preaviso; éste no tendrá derecho a percibir la prestación por desempleo. Es decir, este tipo de prestación sólo se percibe si se ha perdido el empleo de forma involuntaria. (Cosa que no te afecta, porque te vas a trabajar a otra empresa)
Por lo tanto, podemos extraer que el trabajador no tiene derecho a recibir la indemnización correspondiente por extinción de la relación laboral ya que, la baja ha sido voluntaria por parte del trabajador. No obstante, el trabajador sí tiene derecho a percibir el finiquito correspondiente al periodo trabajado hasta su dimisión.
Así mismo, estos tienen que saber que, se podrá descontar de su finiquito tanto días de salario como días de preaviso haya incumplido. Hay que tener en cuenta lo que indique el convenio colectivo aplicable, que incluso puede recoger que se descuente 2 días por cada día de ausencia de preaviso.
Respondiendo concretamente: Si te descuentan por "daños y perjuicios" días de salario, naturalmente perderás las cotizaciones, sólo de esos días.