Proteger carpetas

Bien veamos si puedo responder algo sobre esto ya que no es de mis temas en lo cual soy experto, pero bien estaba consultando con un ing sistemas y me dijo que si se puede pero claro deberías tener un programa previamente hecho para esta acción, lo cual sinceramente te saldría un poco complicado a menos que seas un bun programador, lo recomendables es trabajar con las sesiones de usuario personalizadas, si usas windows o linux ya las traen listas solo para que las configures, otra opción es sisón datos muy importantes es trabajarlos en formato zip y poniéndoles password, podes también cambiarles el nombre del archivo para que no se vea que es zip y pase como un archivo de lo que quieras, ya sabes en lugar que se llame documento.zip bien podría llamarse documento.jpg, lo cual crearía una mascara para los usuarios difícil de detectar, pero lo único es que tendrás que llevar un control de los archivos y como los renombras, pero lo ideal es utilizar las sesiones de usuarios, lo cual te sera más fácil y a la vez seguro. Pero bien si eres un buen programador, si puede usar un programa que haga eso, y ponerlo en los programas de inicio para que este activo todo el tiempo.
Bien se que quizás no es lo que esperabas, pero como te repito no es mi especialidad, si deseas algo sobre mecánica, administración, procesos o algo de mi especialidad te podrea ayudar de mejor manera,
Bien saludos.