Dolor de rodillas

Debes de tener en cuenta, y esto es muy importante para evitar lesiones, que en ningún momento a la hora de realizar sentadillas, tus rodillas pasen de las puntas de los pies.
Si haces sentadillas con la multipower o también llamada jaula, haz una sentadilla entera.
Pero si la haces con barra libre, mejor haz media sentadilla.

Descansa 2 semanas de las sentadillas, y haz tu rutina con extensiones de cuádriceps en maquina, la prensa, y la extensiones de isquiotibilaes en boca abajo en maquina y sentadilla sin peso.
Todos esos ejercicios de 4 serie con repeticiones hasta que te canses con un peso que domines.

¿Tu pregunta es si es normal que duelan las rodillas por las sentadillas? Pues mira, no, normal no es, o sí, depende, el problema no son las sentadillas, el problema es el peso que le metas a las sentadillas, el estado de tu musculatura, de tu articulación, de tus ligamentos, de si las haces bien o no, etc... En tu caso concreto, no tengo ni idea de el por qué te duelen las rodillas, ya que puede ser por cualquiera de las causas que te he indicado. Pero esto solo son las causas generales de por qué pueden doler, como te digo, en tu caso, no lo se.
Lo que está claro, es que si asocias el dolor con las sentadillas, hay algo que no haces bien.