Asiento de existencias

Es evidente que el acuerdo de adquisición no comprende el Stock.
Por ello te debes limitar a no contabilizarlo como activo de la empresa adquirida.
Sencillamente esa disminución del activo del "Sumas y Saldos" deberás repercutirla en el Pasivo.
Sencillamente no puedes aplicar a tu empresa como parte de la adquisición el Activo realizable en cuanto a esas existencias se refiere.
Tu soporte documental es el acuerdo firmado (supongo que ante notario) ahí debe especificar el patrimonio de la empresa que se vende y qué partidas no pasan a la adquiriente.
Y tu asiento es sencillamente al Activo lo que se haya acordado y al Pasivo la diferencia. Si las existencias de producto terminado en este caso se excluyen del Activo, es evidente disminuyen los fondos propios.
No puedo darte cuentas del PGC sin tener una idea del acuerdo de compra firmado. En cualquier caso te aconsejo que pidas una copia del acta notarial. Aquí verás el acuerdo claramente y cuyo Activo y Pasivo deben cuadrar, aunque la adquiriente asuma pérdidas de la vendedora.
Solo lo podrás ver así, con un "Sumas y Saldos" y según mencionas existe un stock que no forma parte de la adquisición, pues sinceramente algo anda mal en cuanto a los datos que te han aportado.
Si tu empresa desea que realices bien tu trabajo como contable tiene la obligación de darte los documentos precisos. Y tú tienes el deber de exigirlos.
En definitiva que ese saldo, si la vendedora piensa vender el stock de forma independiente al acuerdo de venta de la empresa, no forma parte de la adquisición. Y por tanto no debes contabilizarlo como activo en tu empresa.
Espero haberte aclarado la duda, si te quedan aún, te pido que me des datos más concretos y podré ser más preciso.