Factura no contabilizada en el año

Si mi empresa recibe hoy unas facturas del año 2008, y ya ha presentado el modelo 300 y 390, y no las ha incluido, habría algún problema para alguna de las dos empresas, ¿la qué la emite o la que la recibe? La que las recibe puede presentarlas en el año siguiente, ¿sin estar cometiendo ninguna infracción ninguna de las dos empresas?
Respuesta
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Intentaré responderte por partes.
Fiscalidad
La Agencia Tributaria al cruzar la información entre esas dos empresas, comprobará que existe una diferencia entre los datos de una y otra. Si sus intereses no se ven perjudicados, lo más probable (salvo que el importe de la factura sea muy elevado) es que ni os requiera justificación de la diferencia.
¿Qué quiero decir con ésto de salir perjudicada? En el caso que planteas, la empresa A ha emitido una factura a la empresa B. La empresa A declara e ingresa el IVA de dicha factura y declarará la misma como ingreso en el IS; es lo correcto. La empresa B, no ha declarado ni deducido el IVA de dicha factura (es problema de la empresa B), ni tampoco se lo podrá deducir en el IS (sigue siendo problema suyo). En consecuencia, Hacienda no pierde. Otra cosa muy diferente sería que hubiera pasado al revés. Entonces sí que podrías tener problemas.
Contabilidad
Si el importe de la factura no es importante, no va a afectar a la cuenta de resultados por lo que realmente no pasa nada. Ahora bien, personalmente es algo que nunca haría. O bien, devolvería la factura al haberla recibido fuera de plazo, o la contabilizaría en el 2008 y corregiría la liquidación de IVA. Creo que es la forma correcta de hacer las cosas.

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