Para empezar me imagino que sabrás que si no hos coincide es porque no habéis metido las mismas facturas la mejor forma para saber de donde viene la diferencia es pidiéndole al proveedor un mayor o una relación de las facturas que os ha emitido. Entonces comparas esto con tus datos y podrás ver si has duplicado, falta alguna factura, tienes una que era del 2007, te falta la factura de diciembre... Total que si ves que te falta alguna factura le dices que te la mande. Como ya no puedes modificar el iva del 2008 (porque es un jaleo) pues las contabilizas en 2009 con fecha de 1 de enero (así te deduces el iva), pero para el 347 las metes en 2008. Y bueno claro ... a los dos os tiene que dar igual y si no os coincide se suele poner lo del proveedor (que se supone que es más fiable); y luego pues intenta buscar el fallo como te dije espero que te sirva de algo si tienes alguna duda más no dudes en preguntar (No olvides cerrar la pregunta)