¿Poner el 1% de retención en una factura? ¿

Buenas tardes,
Soy autónomo con declaración de iva en estimación directa cada trimestre. Hoy mismo tengo que hacer una factura para un cliente nuevo y este me ha planteado una gran duda. Me dijo que a parte del 16% de iva tenia que poner una retención del 1% en la factura. Hasta la faecha nunca lo había hecho. ¿Esta retención no sera para los autónomos con módulos?
Gracias por contestar rapido. Un saludo, Lupe