Horas estras en nomina

Hola soy un trabajador de un almacen en el cual estamos echando muchas horas estras. La cuestión es que estas horas nos la pagan por nomina lo que nos la abulta demasiado, y siendo nuestro sueldo bastante modesto dicen que se dan casos en los que por este motivo las declaración de la renta te sale a pagar. Mi sueldo mensual no llega a los mil euros gracias ya digo a las horas que hecho y nunca he pagado a hacienda. ¿Me gustaría saber a que se debe esto?, ¿Qué beneficios puede tener la empresa pagándote sueldo y horas todo junto?
No tengo mucha idea de estas cuestiones, por favor respóndanme de forma sencilla.
Venga os mando un saludo.