¿Por qué solamente puede deducirse el 50%?
En principio cualquier gasto, para ser deducible, tiene que ser afecto a la actividad. Un ejemplo: tienes una empresa que comercializa vino, no parece que sea un gasto afecto a la actividad la compra de un reproductor de mp3.
Siguiendo la misma lógica, el vehículo puede ser considerado afecto a la actividad o no, pero no al 50%, o está afecto y es gasto deducible, o no lo está y no lo es.
Si es verdad que en profesiones liberales, Hacienda admite que solamente se deduzca el 50% del IVA soportado en la compra y los gastos de los vehículos turismo, pero hablas de sociedad, así que no creo que te sea de aplicación.
Si es un turismo, de todas maneras Hacienda pone muchas pegas para considerarlo afecto a la actividad en todos los casos, se sortea el tema metiendo publicidad al vehículo, pero si no lleva nada que lo identifique como vehículo comercial, casi que es más fácil que te tiren para atrás los gastos que que te los admitan.
En cualquier caso, el no ya lo tienes, que sea Hacienda quien te lo rechace. Yo tuve un caso en el que la Agencia Tributaria tiró para atrás los gastos y el IVA de un turismo de toda una anualidad... cuando la empresa llevaba 10 años aplicando estas deducciones!. Cuando el jefe se quejó, le recordé los 9 años de impuestos ahorrados: sacamos la cuenta era muy ventajosa para la empresa. Ahora bien, ni entonces la Agencia Tributaria apretaba tanto ni tenían los medios que tienen ahora, ahora es más fácil que detecten estas cosas.
Mi recomendación es que cualquier decisión al respecto de esto sea tomada por el gerente y/o administrador de la sociedad, después de haberle explicado bien los pros y los contras. Como lo metas por tu cuenta y riesgo y por un acta de la inspección deriven cuotas a devolver a la Agencia Tributaria y sanciones,
Me apetecía enrollarme...