El seguro médico de los empleados es gasto deducible (como no puede ser de otra forma) porque es un gasto social pactado con la plantilla. Ahora bien, a partir de que alguien cause baja, mantenerle el seguro ya no es gasto deducible (obvio, si el trabajador ya no forma parte de la plantilla, deja de tener derecho a ese seguro, a menos que exista un pacto en contrario, que imagino que no lo habrá). Lo que debes hacer es pasar la parte del gasto de esta ex-trabajadora como gasto no deducible, y el ingreso como abono de ese gasto no deducible, y tener documentado en un contrato privado ese acuerdo, algo sencillito pero que os permita justificar, de cara a una comprobación, que el ingreso es la recuperación de un gasto no deducible, y no un ingreso atípico que debéis imputaros.
Espero que me sigas, la explicación es algo liosa, pero es quede lo que se trata es de poder demostrar que el ingreso no es imputable a vuestra cuenta de resultados. Puede parecer que si consideras el gasto y el ingreso como imputable, como el resultado es neutro, no pasa nada, pero en este caso incumples uno de los principios contables: la imagen fiel. Claro que también puedes aplicar aquello de la "importancia relativa" que es otro principio contable, y hacer de tu capa un sayo, pero yo considero que la forma correcta (y es mi opinión personal, claro) es la que te indico.
Espero haber aclarado tu duda. A tu disposición.