A ver, lo que propones es capitalizar la deuda con el socio/administrador. No es un tema contable, yo te puedo decir cómo se contabiliza eso, no si lo puedes hacer o no.
Dicho lo anterior, mi consejo es que acudas a un abogado mercantilista, que es quien mejor te puede orientar. Este que te enlazo contesta también por este foro
http://www.todoexpertos.com/categorias/negocios/legislacion-mercantil/expertos/Basseta
Y es amiguete. Seguro que él te puede dar una respuesta certera sobre el asunto.
Lo que si te comento yo es que tienes un problema, de entrada. Las operaciones socio/sociedad y sociedad/socio tienen la consideración de operaciones vinculadas, y siempre hay que tenerlas en cuenta desde el punto de vista favorable a la administración. ¿Qué pasaría si ese dinero se debiera a un tercero? Pues que ese tercero tendría derecho a intereses de demora, por los retrasos en el pago. Pues la deuda de nómina es, en realidad, un préstamo socio/sociedad, que a efectos fiscales se entiende realizado a precio de mercado, devengando los intereses anuales que corresponda, intereses de los que hay que liquidar la correspondiente retención fiscal, que seguro que no habéis realizado.
Creo que deberías consultar lo primero con alguien como mi amiguete, y lo segundo con un asesor fiscal que te reorientara en cómo solucionar el problema. QUe no es un problema contable, es un problema fiscal del socio y de la sociedad.
Espero haberme explicado bien, y siento no ser portador de mejores noticias...