Buena pregunta. Primero: darle las gracias a tu "familiar" por la herencia recibida. Ante todo hay que ser agradecidos.
Lo segundo: es importante la cuantificación del problema. Si el saldo es de 1 euro sobre liquidaciones de pago de 10.000 euros, no tiene la mayor importancia. Vamos, que es importante ver qué saldo es.
Aquí es un claro ejemplo de la aplicación del principio de importancia relativa. Si el saldo es despreciable con respecto al importe total de las declaraciones, cuadra el saldo en la siguiente declaración si es posible, y si no lleva el saldo a la cuenta que tengas de gastos no deducibles.
Pero si el saldo no es despreciable, o se aprecia en las contabilidades anteriores que el desajuste tiene importancia con respecto a la liquidación de Iva presentada, debes valorar si procede cuantificar el importe del desfase, y que el gerente valore también si se presenta una declaración complementaria a la Agencia Tributaria o no, porque hacerlo así implica sanción, pero siempre menor que si el desaguisado lo detecta la propia Agencia Tributaria, entonces la sanción puede ser cuantiosa, siempre en función de lo defraudado.
En cualquier caso, yo no me quedaría tranquilo hasta que no supiera, con una buena aproximación, el origen del problema y si este implica diferencias en las liquidaciones de IVA presentadas, a partir de ahí ya toca decidir a la Gerencia o al administrador de la empresa por la solución.
Pero en ningún caso tomes una solución a las bravas sin consultar y obtener el permiso del administrador de la sociedad. Piensa que esas cuentas implican una liquidación con la Agencia Tributaria, y si hay sanción puede llegar el tema a repercutirle al administrador como persona física.