Exencion por reinversion.

Por un lado tu mujer en el 2003 debió declarar la venta de ese piso y pagar por ello puesto que lo tuvo apenas un año.
Si no lo hizo, debería hacerlo para regularizar y pagar con intereses.
Es en ese momento si tu mujer tenia pensado reinvertir en otra vivienda cuando debía haber solicitado la exención del impuesto.
Así que si no presentó esa declaración la deberá presentar ahora con los recargos e intereses.
En cuanto a vuestra compra en común que empezasteis a pagar en febrero de 2003 y que habéis escriturado en febrero de 2005:
Es una compra normal y corriente en la que cada uno os podéis desgravar vuestra parte de los pagos que hagáis cada año...
Referente a los del 2003 repasad vuestra renta y no deberíais haber incluido la parte de los pagos correspondientes a tu mujer en el periodo en que ella mantiene 2 pisos, es decir, hasta pasado mayo que es cuando vende no se podrá desgravar.
Pero entonces deberá esperar a superar en los pagos al nuevo piso las cantidades que se había desgravado anteriormente por el otro piso.
En cuanto a que os interese más hacerla conjunta o por separado, es tan fácil como hacer la declaración, ver los resultados y presentarla según os convenga más.
Lo que comentas de que os habéis casado y todo eso, no se porque me lo preguntas. Si es para solicitar la exención por reinversión antes de los 3 años, has llegado tarde puesto que quien la debió solicitar fue tu mujer cuando vendió el piso en el 2003... y es en ese transcurso de tiempo en el que se debe dar la excepción (es decir le habría válido si os hubierais casado entre agosto 2002 cuando ella compro y mayo de 2003 cuando vendió)... imagino que me lo preguntabas por eso...
Os aconsejo que acudáis a un buen asesor fiscal para que os repase las declaraciones y pudiera reparar los errores si los hubiera.