Según la AEAT:
Mínimo por ascendientes (artículo 59 de la LIRPF)
El mínimo por ascendientes será de 918 euros anuales, por cada uno de ellos mayor de 65 años o con discapacidad, cualquiera que sea su edad, que conviva con el contribuyente al menos seis meses, no tenga rentas anuales, excluidas las exentas, superiores a 8.000 euros y no hayan presentado declaración con rentas anuales superiores a 1.800 euros.
Cuando el ascendiente sea mayor de 75 años, el mínimo anterior se aumentará en 1.122 euros anuales (2.040 euros anuales).
En tu caso, según comentas y siempre y cuando tu padre no presente la declaración de la renta, podrías incluirlo como mínimo por ascendiente discapacitado
Una cosa es la vivienda habitual (o domicilio fiscal) a efectos de IRPF y otro es el lugar de empadronamiento.
Como puedes ver en la definición de la AEAT, dice "que conviva con el contribuyente al menos seis meses", por lo que claramente el resto podría vivir en otro lugar y no por ello va a estar cambiando de empadronamiento cada 6 meses.