Entiendo perfectamente tu desesperación. Las liquidaciones complementarias por transmisiones patrimoniales son bastante injustas y últimamente MUY frecuentes, las Administraciones no saben ya de dónde recaudar y están aplicando unos coeficientes que para nada se asemejan al valor real y actual que tienen hoy en día los inmuebles. De todas formas, es algo que los notarios suelen advertir al hacer la escritura si el precio es pactado.
Realmente sólo tienes dos opciones:
- No recurrir y pagar los 9.000 € de la liquidación complementaria: es lo que generalmente suele suceder, la mayoría no quiere las complicaciones ni la pérdida de tiempo y dinero que supone un procedimiento.
- Recurrir: esto ya sería decisión tuya personal así que yo me limitaré a informarte. A pesar de poder interponer el recurso de reposición, éste no te servirá para nada, la Administración no te va a dar la razón tan fácilmente así que acabarías en el contencioso - administrativo (mientras duran estos procesos, que suelen ser bastante lentos, he de advertirte que los intereses continúan creciendo y si no ganases tendrías que abonar los 9.000 € + intereses).
Por otro lado, necesitarías la asistencia de un buen profesional que pueda llevarte el pleito y esté pendiente de los plazos, cualquier descuido puede resultar muy caro.
Finalmente, puedo decirte que existe ya jurisprudencia al respecto y a favor del ciudadano, obligando a la Administración a realizar actualizaciones de valores adaptados realmente a la nueva situación y de forma individualizada, así que existen probabilidades de ganarlo.
En cualquier caso, las dos opciones suponen un gasto importante para el contribuyente por la ineptitud de la Administración que debería adaptarse a la cruda realidad que estamos viviendo. Siento mucho no poder decirte otra cosa, pero cualquiera que se a la opción elegida va a suponerte el desembolso de dinero.
Respecto a la declaración del IRPF que me comentas, es cierto que no tendrías la obligación de pagar por tu pensión pero al obtener una ganancia patrimonial por la venta del piso quedas directamente obligado. No obstante, existen deducciones por minusvalía y vivienda habitual que supongo habrás aplicado.