Pareja de hecho separada con un hijo

Me he "separado" hace 15 meses aprox. Mi ex-pareja se marcho de casa con el niño, se busco un piso de alquiler y se instalo en él. Al principio todo bien, acordamos una cantidad para la manutención del niño y me dejaba verlo cuando yo quisiera. Ella enfermó y como estábamos bien la acompañe varias veces a urgencias, ya que tubo hepatitis y más adelante vértigo que aun lo tiene y la deja bastante hecha polvo. Lógicamente no apta para atender un niño de 5 años, el cual en ese caso lo cuido yo o mis padres. Ahora las cosas cambian porque intento rehacer mi vida, sin descuidar mi deber como padre, y sale su fuerte carácter amenazándome con no dejarme ver a mi hijo a diario, con denunciarme por malos tratos o por acoso, etc. Nunca le he puesto ningún impedimento para nada, incluso ver a mi hijo cada dos días, vale, pero lo que no me parece bien es esto de "hacerlo de palabra, o mutuo acuerdo", cuidado con eso porque las palabras se las lleva el viento.
La venganza de esta mujer es más que evidente, no puedo rehacer mi vida sin que me ataque con el niño. Mi indefensión queda de manifiesto, ademas de mi ignorancia en el tema, y por eso recurro a uds.
Mi consulta es: ¿No hay ningún medio o documento oficial y por escrito que ampare la situación de los padres como yo, en la que figure un régimen de visitas, o en mi caso la custodia temporal del hijo por enfermedad de la madre?
¿Qué puedo hacer ante las incesantes amenazas de denunciarme por acoso o malos tratos? Ademas este tema es muy delicado y más hoy en día.
Les agradecería me contestasen y me orientasen en el tema, es muy importante para mi.