Permiso maternidad

La cuantía, como bien dices es la Base Reguladora por un porcentaje, el del 100%.
La B.R. es igual a la Base de Cotización por Contingencias Comunes del mes anterior al parto dividida entre el número de días cotizados (30 si tu salario es mensual, o el nº de días del mes en caso de cotización diaria).
Pero es diferente la percepción económica que percibes a la Cotización, ya que durante la IT la empresa debe seguir cotizando en base al art. 6 de la Orden TAS de fecha 20 de enero de 2006. Este art. dice:
"Artículo 6. Cotización durante las situaciones de incapacidad
temporal, riesgo durante el embarazo y maternidad.
1. La obligación de cotizar permanece durante las
situaciones de incapacidad temporal, riesgo durante el
embarazo y de disfrute de los períodos de descanso por
maternidad, aunque éstos supongan una causa de suspensión
de la relación laboral.
2. En las situaciones señaladas en el número anterior,
la base de cotización aplicable para las contingencias
comunes será la correspondiente al mes anterior al de la
fecha de la incapacidad, situación de riesgo durante el
embarazo o del inicio del disfrute de los períodos de descanso
por maternidad."
Con esto ves que no te afecta a la prestación por maternidad la baja actual.

No te preocupes, efectivamente mientras estés de baja por enfermedad antes del parto estarás cobrando un porcentaje sobre la base de cotización, al aplicar un porcentaje sobre esa base, cobrás menos pero la base no varía. En el caso de la maternidad no es un 60 o 75? De la base como con una enfermedad sino el 100%.
Cuando cobres la maternidad cobrarás en función de tu base de cotización (la base reguladora es la base de cotización o base de contingencias comunes).
En la base de cotización entran los conceptos salariales de tu nómina y la parte proporcional de tus pagar extras. Esto quiere decir si tienes dos pagas por ejemplo, mientras estés de baja por maternidad las cobraras prorrateadas junto con tu salario por lo que notarás que cobras algo más de lo normal por el ser el 100% de la base y la base incluye las pagas.
Una vez estés de alta de nuevo en la empresa, cuando te toque cobrar paga extra, no cobras la parte de paga de los cuatro meses de maternidad, porque ya los has cobrado por subsidio seguridad social.

Como bien dices se calcula con la base reguladora (contingencias comunes) del mes anterior.
Lo que no tengo tan claro es si esa base de cotización varía si un mes estas de baja.