Nomina de un trabajador sin periodo de carencia

Hola tengo un trabajador que esta de baja desde el 22/10/2007 y no tiene cubierto el periodo de 180 días, ¿por lo que me han comentado que no puedo deducirme nada en los seguros sociales y a el no tengo que pagarle los días que esta de baja es así no?
El caso es que si en el programa de nominas que tengo panel de logic, pongo eso me sale la nomina del mes de noviembre en negativo, ¿y me gustaría saber si el aun así me la tiene que firmar y como se justifica el pago de esta nomina
tenemos convenio de la construcción de madrid el trabajaor es oficial de 1ª y aparte tiene una bonificación por discapacidad de 341.66? Cada mes, por favor ayudame