Fusión y... Despedida estando de baja maternidad!

No te compliques. La nueva empresa hereda TODOS los contratos laborales con todas las condiciones adquiridas, el tuyo incluido, con la ventaja de que al estar en permiso de maternidad cualquier despido improcedente se convierte en nulo.
No tienes que justificar quién es mejor para el puesto ni quién va antes ni nada. Simplemente te niegas a pactar ningún despido. Si te despiden ellos demandas por despido nulo y serás readmitida.
Esta protección te dura mientras que estés embarazada, en baja de maternidad o en acumulación de lactancia (es lo que tienes que comunicar antes de que se acabe el permiso). Pero luego se acaba la protección a no ser que un mes más o menos antes del fin de la lactancia comuniques una reducción de jornada para el primer día de tu reincorporación. Leelo en mi web.
Por tanto jamás aceptes un despido de 45 días. Eso es lo mínimo que tendrían que pagar si consiguieran un despido improcedente, que no lo van a conseguir, porque si me haces caso serás readmitida siempre y cobrando salarios de tramitación cada vez.
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1- No, no tienes preferencia en cuanto a la permanencia en el puesto de trabajo. En España el despido es libre aunque no gratuito. Si quieren despedirte pueden hacerlo libremente, y si de por sí te ofrecen ellos la indemnización por despido improcedente, tú única opción es rechazarla y denunciar la nulidad del despido si es que crees que hay causas para ello. Pero es muy complicado que te lo den, solo en casos de moobing o acoso o limitación de los derechos fundamentales se concede la nulidad del despido.
2-Mientras estés disfrutando el permiso por maternidad, lo normal es que te mantengan en contrato, de lo contrario seguirías disfrutando la maternidad a cargo de la mutua de la empresa y una vez finalizada pasarías al paro. No tienen porque reubicarte, pero si lo hacen te deben reubicar a un puesto similar al que ocupabas anteriormente en cuanto a categoría profesional y funciones se refiere. El sueldo tampoco puede ser inferior al que tienes ahora.
3-No, el máximo indemnizable por despido es de 45 días por año trabajado con un límite de 42 mensualidades. A no ser que llegues a un pacto con la empresa para que te de más, pero no tienen obligación.
4-Si te despiden, la empresa no puede volver a contratarte en un periodo de 3 años contados desde la fecha del despido, puesto que el motivo del despido es improcedente. En el caso de que fuese el motivo del despido imputable al trabajador, podrían contratarte pasados 6 meses. (Pero no te darían indemnización)

En una situación de baja maternal el despido es nulo de pleno derecho y no tendría efecto. Por lo tanto respecto a la primera cuestión la respuesta es si. Respecto de la segunda por lo comentado no tiene sentido ya que debe conservar su puesto.
En la tercera la respuesta la cuestión es no. No por el despido sino que los 45 días es la máxima indemnización.
En la 4 el problema es que paro y baja corren a la vez en caso de aceptar despido y si la empresa finalmente no cumple puede haber problemas. La legalidad de la medida es dudosa cuanto menos. No existe plazo para ello.