Justificante medico

Hola me gustaría saber lo siguiente:
Tengo una amiga que trabaja como monitora en el comedor de un colegio con un contrato de 12 horas semanales y ha estado de ir al trabajo durante dos días aunque tiene el justificante medico y la empresa le ha descontado los dos días que no ha trabajado es esto así o debería haberle pagado esos dos días o se tendría que haber dado de baja.
Porque tengo entendedio que los tres primeros días lo pagas el trabajador o algo así