Cotización por parte de una mutua de atepss

Me gustaría saber en el caso en que estando de baja sea por la contingencia que sea, se extingue la relación laboral y se pasa a cobrar la prestación de incapacidad temporal directamente por la Mutua de Accidentes de Trabajo, hasta aquí sin problemas.
Pero mi duda es la siguiente: La Mutua te da de alta al día siguiente de la baja efectiva en la empresa, en el régimen especial 3011, ¿pero debe la Mutua cotizar efectivamente? ¿O por el contrario se considera que durante el tiempo que dure esta situación se entendería cotizado por la base mínima?
El problema es que a lo mejor se agota el plazo máximo de IT y se promueve un alta con propuesta de Incapacidad Permanente, con lo cual a efectos de estos cálculos, ese tiempo que se está dado de alta en ese código especial de pago directo de I.T. Por parte de la Mutua, como se contempla, o mejor dicho como se interpretará en cuanto al cálculo de la posible pensión.