Retención por liquidación

Hola, fui a juicio con mi ex empresa, al final me liquidaron. Los abogados me informaron de que la liquidación estaba exenta de retenciones. Cual es mi sorpresa cuando recibo de la empresa el certificado de retenciones por la mitad del dinero de la liquidación. Yo estaba de excedencia voluntaria, con lo que no estaba trabajando con ellos y por supuesto no me tenía que llegar certificado de retenciones. Ahora la declaración de la renta me sale a pagar (bastante) porque esta empresa no me ha retenido por la cantidad que dicen. La empresa me ha liquidado por la mitad y por la otra lo ha puesto en salario. Mi pregunta es: ¿Es legal esto que han echo? ¿Puedo denunciarlos? ¿A qué me enfrento? ¿Tengo qué pagar a Hacienda? Y luego puedo reclamarlo... Espero haberme expresado correctamente. Muchas gracias.