Herencia

Vamos por partes. No hay que pagar impuestos por el dinero obtenido porque como es un bien que pertenecía a tu abuelo ya habrá pagado por la herencia del inmueble y si no se pago entonces ya ha prescrito. O sea, sea como fuere, no se ha de pagar impuesto sobre sucesiones y donaciones.
Respecto de los intereses ya pagara en la declaración de la renta correspondiente a cuando se los paguen. Respecto de la ganancia patrimonial (el precio de venta de la nave seria superior al de compra) en principio estará exento porque por el tiempo que dices que esta viuda y la nave se compraría antes de su fallecimiento a 31 de diciembre lo tendría más de 25 años con lo que no tendrá que pagar por ello.
Respecto a la parte correspondiente al hijo de la abuela la cuestión es saber a quien correspondía la nave en la herencia antes de la venta: al que correspondía la nave le corresponde el dinero. El dinero no es algo nuevo que haya aparecido, es el precio de la venta de un bien y el dueño del dinero sera el dueño de la nave.

Para el reparto del dinero, habrá que estar a la propiedad. No se si la propiedad de tu abuela sobre 1/3 parte de la nave, le viene porque cuando se compró, se lo puso a su nombre al estar casados tus abuelos en régimen de separación de bienes, o es que la tercera parte era del matrimonio, y en testamento le dejaba a su cónyuge (tu abuela) su mitad de gananciales en la nave, o aún se me ocurre otra cosa, que tu abuelo y sus hermanos tuvieran una S.L. o S.A. que fuera la propietaria de la nave, y que tu abuela se hubiera quedado en la aceptación de la herencia las acciones o participaciones sociales de tu abuelo (cosa que concuerda al decir que los cuñados de tu abuela le han dado el dinero, pues venderían la nave uno de ellos como administrador de la sociedad, sin tener que ir al notario nadie más).
Pero bueno, partimos de la base que la tercera parte de la nave era de tu abuela, y como titulo de adquisición tenía compra privativa (si había separación de bienes), o al disolverse la sociedad conyugal por fallecimiento de tu abuelo adquirió en la aceptación de la herencia la parte de tu abuelo con lo que consolidó el pleno dominio sobre la totalidad de la tercera parte.
En la próxima declaración de renta, deberá hacer constar que ha vendido un bien inmueble, que el periodo de generación es superior a un año, concretamente más de 30 (caso separación bienes) o más de 30 su parte y 30 la de tu abuelo (caso gananciales) En todo caso no le repercute nada "0" Euros en su próxima declaración de renta al haber estado tanto tiempo en el patrimonio de tu abuela, y entrar en juego el tema de las actualizaciones del valor y sobre todo el haber permanecido en el patrimonio 10 años antes de 1.996. En próximas declaraciones del IRPF, deberá declarar los intereses que le esté produciendo ese dinero al igual que los intereses de cualquier otro dinero que pueda tener.
Sobre si otras personas, hijos o nietos tienen derecho a una participación en ese dinero, si tienen un titulo de propiedad sobre parte de la nave, o tienen por herencia acciones de la sociedad que ha vendido la nave, en proporción a su participación.
Me extraña que respecto de un bien de indudable valor, no se hiciera la manifestación y aceptación de herencia en su día por tu abuela junto con sus hijos. Si está hecha la herencia y de ese titulo (documento notarial) se deriva una participación en la propiedad de la nave, les corresponde esa participación.