Duda sobre nacionalidad

Buenas tardes.
Le escribo para exponerle mi caso y ver la opinión que usted puede ofrecerme. Me explico:
Estoy casado con una Española, y luego de cumplir todos los requisitos, he solicitado la Nacionalidad por residencia.
He tenido un problema con un empresario, y estoy imputado por un delito de apropiación indebida. He ido a declarar ya hace 1 año y estoy a la espera de que me llamen para el Juicio.
Ahora bien, lo que yo quiero saber, es si este problema puede generarme trabas legales o percances de algún tipo a la hora de obtener la Nacionalidad Española, aún no tengo antecedentes penales, pero es probable que en un futuro próximo los tenga.
Me han dicho que lo mejor es que me den la nacionalidad antes de que salga el Juicio, porque de otra manera no me darán la nacionalidad, ¿esto es así? ¿Pueden denegarme la Nacionalidad?
Un saludo y muchas gracias.