Responsabilidad trabajador

Buenas tardes,
El caso es el siguiente, se trata de una sociedad anónima que ha sido dirigida durante 20 años por una persona (familiar directo del dueño de la empresa).
Hace unos meses se empezaron a revisar los extractos bancarios de la empresa así como de las tarjetas bancarias y se ha descubierto que el empleado ha utilizado fondos de la empresa para fines personales (mantenimiento de los coches familiares, comidas y cenas,...). A partir de aquí se perdió la confianza en el empleado y se limitaron sus poderes.
La empresa no va bien, no esta funcionando (si esta operativa) y a este empleado se le deben 6000 euros en concepto de salario que se le van a pagar en el momento que haya fondos (si no hay fondos es por su mala gestión). La cuestión es que el trabajador ha dejado de acudir a su puesto de trabajo (abandonando sus funciones, por ejemplo la presentación de documentación para el 3T del IVA,...) y reclama este dinero.
Antes de despedirle hay que enviarle 15 días antes una carta de preaviso de despido, pero que tramites habría que seguir para demostrar que ha abandonado sus funciones y no pagarle indemnización (la cual ya ha cobrado durante años robando a la empresa) aludiendo un despido procedente.
¿Qué responsabilidad se le puede exigir por abandonar sus funciones y perjudicar así a la empresa? El trabajador amenaza con acudir a Magistratura, ¿qué supone esto o que puede suponer para la empresa?
Muchas gracias.
Un saludo