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El que estés dada de alta en autónomos es por que la Ley como soocia con más de un 25 % y ademas administradora has de tener nómina, TU NO PUEDES HACER NINGUNA FACTURA A LA SL, no estad dada de alta en hacienda como empresaria ( ¿tu no tienes ningún modelo 036 presentado a tu nombre ni estad dada de alta en IAE?), tu no tienes por tanto que presentar ningún modelo como autónoma, solo pagar los boletines que te ha mandado la seguridad social. El ser autónomos es que se cotiza por el régimen es pecial de trabajadores autónomos en la Seg. Social.
La empresa ha de presentas trimestralmente el modelo 110 (retenciones de personal), 300 (IVA, y a final de año el resumen anual de IRPF ( modelo 190) y el Resumen Anual de IVA ( mod. 390). Tienes que llevar contabilidad ajustada al plan general contable ( diario, mayor, Inventarios y balances y diligenciar los libros en el Registro Mercantil, también pueden ser hojas de ordenador numeradas, todos los años en julio has de presentar el impuesto de sociedades ( modelo 201), y si te sale a pagar por que has obtenido beneficios, tendrás que hacer luego tres pagos a partir del trimestre siguiente( octubre-enero y abril a cuenta del Impuesto de sociedades del año siguiente ( modelo 202; 18 % de la cuota que te salio a ingresar); ademas has de presentar en el registro mercantil todos los años el Deposito de Cuentas y la memoria anual de la sociedad.
Como verás un poco engorros, si no tienes experiencia te aconsejo que te busques un buen asesor que te oriente y te supervise.
Espero haberte ayudado. Por favor puntúame la respuesta, es muy importante para mí.