Piso con dos cuentas viviendas

La situación que planteas tiene los siguientes problemas:
1: Para que se considere que los pagos que haces desde la cuenta vivienda tienen la consideración de Inversión en Vivienda Habitual, lo que debería ocurrir es que ese dinero lo destinaras a la COMPRA de la vivienda, por lo que el usarlas únicamente para el pago de la hipoteca supondría que deberías devolver lo deducido por la cuenta.
2: La única opción que tienes para que la operación sea considerada COMPRA es que tu novia te venda todo o parte de la vivienda, lo normal sería que te vendiera el 50% con lo que pasaríais a ser cotitulares de la misma.
3: El problema de que tu novia te venda la vivienda es que si lo hace, ésta perdería su condición de vivienda habitual de tu novia, puesto que no han pasado tres años desde que ella la compró. Debería devolver todas las deducciones de las que se hubiera beneficiado incluidas las de la cuenta vivienda (con intereses de demora).
4: Si tu novia te vende parte de la vivienda ella tendrá una ganancia patrimonial que deberá declarar en el IRPF.
5: Al no estar casados las cuotas de la hipoteca son exclusivamente titularidad de tu novia, por lo que en teoría sólo ella se podría deducir por las mismas.
En resumen:
- Si usas el dinero de la cuenta vivienda para pagar el préstamo actual deberás devolver las deducciones de las que te hayas beneficiado. En este caso tu novia no tendría ninguna repercusión fiscal.
- Si tu novia te vende el 50% de la vivienda será ella la que tenga que devolver las deducciones de las que se haya beneficiado en los últimos 4 años.
Una posible solución que veo a este problema es la siguiente. Si cuando hayan pasado tres años desde la compra de la vivienda por tu novia aún no ha terminado el plazo de los cuatro años de la cuenta vivienda ella te puede vender el 50% de la vivienda.
Al haber pasado tres años desde su compra la casa no perdería su condición de vivienda habitual para ella.
El precio de compra puede ser similar al que pagó ella con lo que la ganancia patrimonial que tenga que declarar en el IRPF sea muy pequeña.
A partir de ese momento y si aún no estáis casados podéis cancelar el actual préstamo hipotecario y abrir uno nuevo a nombre de ambos para poder deduciros los dos por los pagos.
Lo que tienes que valorar es si los costes de esta operación (escrituras de compra venta, gastos de renovación del préstamo,...) compensan a las deducciones que puedas perder si ahora simplemente cancelas tu cuenta vivienda.
Un saludo, espero haberte podido ayudar con esta respuesta. No olvides puntuar