Problemas de cobro

Me ha costado un poco entenderlo, pero en fin, intentaré responderte con mi opinión según el problema que creo que es el que me planteas.
Si no entiendo mal, tu amigo trabajaba en una empresa, supongo que como trabajador (y no como autónomo). Y sólo va a cobrar si a su vez consigue cobrar una factura de otra empresa que le debe dinero a la empresa donde trabajaba tu amigo, uf.
Bueno, el único problema que veo, es que el ingreso que va a tener tu amigo en la cuenta corriente, procede de una empresa que no es la suya.
Hacienda sólo se dará cuenta de esto si le hace una inspección fiscal y le pide un extracto bancario de sus ingresos, entonces, "para hacienda", tu amigo ha cobrado de una empresa de la que no se ha declarado nada.
Puesto que la única documentación que vas a poder aportar 'legalmente' va a ser el origen de la transferencia, y ésta es la de una empresa que no es la suya, (siempre para Hacienda) tu amigo ha trabajado en esa empresa, así que tendrá que poner como rendimiento esos ingresos, más los de la empresa donde efectivamente ha trabajado (estén cobrados o no), con lo que los 4.000 euros los va a tener que declarar por partida doble.
Si no le queda más remedio que hacer eso, que lo haga, es difícil tener una inspección de este tipo, ya tendría que 'cantar' mucho su declaración de renta, y si llegara el momento, que se ponga en contacto con un asesor para ver de que modo puede salir del atolladero.
De todas formas, ya que no le queda más remedio que cobrar así, que intente hacerlo en efectivo, de esa manera no consta el origen de la transferencia y puede argumentar que ha sido el pago de su sueldo.

Ok ante todo muchas gracias por responder y entenderme, que no es poco.
Intentaré hacerle llegar a mi amigo la información que me has dado y decirle que lo mejor es cobrarlo en efectivo. ¿Le quería preguntar que si en el caso de que lo cobraría por transferencia entonces para hacienda seria un ingreso a declarar? ¿Cómo empresa en la que ha trabajado aunque no sea así? + ¿Declarar lo de su empresa real aunque no esté cobrado no?

En caso de que lo cobrara por transferencia, sería un ingreso a declarar de su empresa (empresa A).
Sólo si hacienda le pida la procedencia del dinero, habría que ver de que modo se demuestra que realmente es cobro del salario de su empresa y no de la 'otra empresa' (empresa B).
Pero en ningún caso se le ocurra declarar esto como ingresos de la empresa B, puesto que entonces si va a haber una inspección para todas.
Aunque al final no cobre sus nóminas, tendrá que pagar impuestos en renta. Pero si ese es el caso, yo lo pondría en manos de un abogado, o cuanto menos iría a Hacienda y hablaría con un agente tributario y le expondría el caso.