¿ Que consecuencias tendrá emitir una factura en un trimestre y declararla en el siguiente?

Que opina de esta situación: esto es un hostal con restaurante como sociedad limitada, al realizar el modelo 303 3T 2013 me di cuenta de que una factura emitida a un restaurante en abril, debería estar declarada en el 2T 2013, no estaba declarada en su correspondiente trimestre a lo que a las bravas la declare ayer en el 3T con fecha 1 de julio de 2013 por no hacer una complementaria del modelo 303 2T 2013. En el 2T tenemos IVA a compensar de 600 euros, si hubiésemos declarado esa factura en el 2T tendríamos un IVA a compensar de 411 euros porque el IVA repercutido es de 189 euros y finalmente el IVA que nos ha quedado a compensar en este 3T es de unos 300 euros habiendo declarado todo el trimestre correctamente más esa factura de abril.
La consecuencia que veo es que la relación con ese cliente termino precisamente en abril. Enero, febrero y marzo tienen sus correspondientes facturas en el 1T 2013 declaradas en ese trimestre y el cliente se las habrá deducido en el 1T 2013, la factura de abril el cliente se la habrá deducido en el 2T y yo la he declarado en 3T con lo que al tener operaciones de más de 3000 euros en el modelo 347 habrá una deferencia entre ambos el la tendrá en el 2T y yo en el 3T, aunque la cifra total del año coincida.
Creéis que me llamara Hacienda o al ver que no tenia que ingresar IVA pasara por alto la diferencia en el 347 o que directamente no detectara la diferencia y si me llama que me dirán.