Efectivamente, puede mandarla por PDF:
¿Qué formatos son válidos para la factura electrónica?
Cuando se habla de formato se puede hacer referencia a varios aspectos diferentes:Por un lado está la estructura del fichero que soporta el contenido legal de la factura. No existen un formato único para la factura electrónica. Puede usarse XML, PDF, HTML, DOC, XLS, JPEG, GIF o TXT entre otros.
¿Quién es el responsable último de la validez de la firma y de su correspondiente certificado?
El destinatario de la factura tiene la obligación de verificar la validez de la firma y por tanto el certificado firmante. Para ello dispondrá de los medios informáticos necesarios.
Le dejo un excelente enlace de preguntas y respuestas elaborado por la propia AEAT sobre la facturación electrónica que le servirá de ayuda:
http://www.agenciatributaria.es/AEAT.internet/Inicio_es_ES/_Configuracion_/_top_/Ayuda/Preguntas_y_errores_mas_frecuentes/Facturacion_Electronica/Facturacion_Electronica.shtml