No entiendo demasiado bien tu caso, pues por lo que veo compras productos que luego vendas a particulares.
Por lo que respecta a esta parte está muy clara se trata de una actividad de venta menor sujeta a Régimen especial de recargo de equivalencia, en la que no tienes que hacer declaraciones de IVA pues compras con IVA + el recargo de equivalencia, me imagino que normalmente al 21%+4,5% y vendes a particulares con IVA incluido pero en tu caso y derivado de la naturaleza de la actividad ese IVA es parte de tu Beneficio compensado a hacienda por medio del Recargo de equivalencia que pagas de más en las compras.
Por otra parte dices también que cobras de la compañía facturas con IVA y retención, en este caso sería por alguna actividad profesional, como por ejemplo la de agente comercial.
Es por ello que me da la sensación de que desarrollas dos actividades y por tanto deberás darte de alta en hacienda en dos epígrafes de IAE uno por actividad. En una de ellas estás en recargo de equivalencia y el IVA que pagas en ella no es deducible como tal si no que es un mayor coste de adquisición de los productos y en IVA de Venta no es un IVA devengado a ingresar en Hacienda, sino que es un mayor precio de venta de los productos. Por lo que respecta a esta actividad estarás obligada a presentar trimestralmente el modelo 130 que resultará del cálculo (Ingresos menos gastos) al que se aplica el 20% y esa es la cantidad que debes ingresar por esta actividad trimestralmente en hacienda.
Por lo que respecta a la otra actividad deberás ingresar (el IVA que cobres menos el IVA que pagas en tus gastos) cada tres meses en un modelo 303 teniendo en cuenta que sólo puedes deducir el IVA de los gastos derivados de esta actividad y no de la otra. Además en Mayo cuando hagas la RENTA podrás reducir tu renta en las cantidades que la empresa te retiene en cada factura.
Un saludo,
Martín Varela
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P.D.: Agradezco que valores la respuesta facilitada a tu consulta