Me refiero a que, normalmente, elementos como las cubiertas, fachadas, cimientos, forjados, etc. son comunitarios. Por extensión, cuando las terrazas actúan como cubiertas, aunque el acceso, uso y disfrute corresponda a un único propietario, también suelen ser comunitarias (comunes, de uso privativo). Si ése fuera su caso, no obstante, debería figurar en la escritura de división horizontal, así como en su escritura.
Si Ud. dice que Ud. figura como propietaria, entonces todo parece indicar que, aunque no es lo habitual, en su caso no sería una terraza comunitaria, a pesar de actuar como cubierta.
Aún así, no veo que pudiera Ud. actuar sobre la claraboya, puesto que ésta debería pertenecer a su vecino. En todo caso, como mínimo, debería hacerlo de común acuerdo con él. Y aún así, quizá, habría que hilar más fino, para determinar sin dudas a quién pertenece cada elemento e incluso si la eliminación de la claraboya supondría una alteración de la estética del edificio.
Aprovecho para preguntar (por curiosidad)... ¿cuál es el motivo de querer eliminar la claraboya? ¿Se trata de que desde el baño tienen visibilidad de su cocina? Sería extraño, porque imagino que siendo una claraboya de un baño, no será transparente. Sólo será translúcida para poder dar luz natural al baño. ¿Se trata entonces de un posible problema de seguridad? ¿Tiene miedo de que alguien pueda acceder a su terraza/cocina usando la claraboya?