Si a lo que te refieres es poner una clave a un dispositivo de almacenamiento (MicroSD, Pendrive, etc), la mejor herramienta para hacerlo es Truecrypt.
Este programa, no sólo le pondrá una clave, sino que cifrara todos los archivos que grabes con un alto grado de seguridad y haciendo prácticamente imposible la recuperación de la información; si no se introduce la clave correcta en el programa.
El enlace de descarga es el siguiente TrueCrypt 7.1aIMPORTANTE: No te recomiendo la versión de la página oficial, si quieres saber un poco más porqué, lee esto.
Para comenzar, debajo te dejo los tutoriales paso a paso para que puedas realizarlo.
Existen dos métodos, el primero es cifrar toda la unidad completa y el segundo es crear un archivo contenedor.
Si creas un archivo contenedor, será mucho más práctico y además podrás llevar el programa dentro del pendrive, para poder acceder al contenedor cifrado.
Si cifras la unidad completa, en donde vayas a utilizarla, necesitarás tener el programa previamente instalado para poder acceder y ver o modificar el contenido.
Elige cual crees que te será más conveniente:
CIFRAR LA UNIDAD COMPLETA QUE CONTIENE DATOS:
En este ejemplo, realizan el procedimiento con datos, yo te recomendaría que lo hagas sin ningún dato en el dispositivo. Por lo tanto, en lugar de elegir la opción que muestra el video "Encrypt partition in place" eliges la opción "Create encrypted volume and format it" y en el últmo paso a realizar, en "Wipe Mode" deberás elegir el tipo de sistema de archivos a utilizar.
CREAR UN ARCHIVO CONTENEDOR.
Espero que te haya servido. Cualquier duda me consultas.