9 días de retraso, es irregular, relaciones con preservativo y test negativo por qué no le ha bajado?

Tuvimos relaciones hace 3 semanas con preservativo todo normal revise los condones y no estaban rotos, hace 6 meses acudimos a la pastilla de emergencia eso fue en mayo antes de eso a ella se le atrasaba 5 días o se le adelantaba y bueno le vino el 19 de mayo pero con la pastilla como que se me normalizó y le venía cada 19 hasta el mes de julio en agosto le vino el 15 y septiembre 13 hoy ya 17 y no le ha bajado sólo presentó un flujo transparente que ella pensaba que le había bajado pero no hace como 4 días se le quitó y se hizo una prueba de orina a los 6 días de retraso y dio negativo y tendría que ver detectado ya que la relación fue hace 3 semanas, sólo tuvo un pequeño dolor el día de ayer y ya no tiene ningún síntoma premenstrual como lo solía tener, ella esta muy estresada por este tema ya que su familia le habló sobre esto y esta preocupada al igual que yo, ¿puede ser el estrés o efecto de la pastilla del día siguiente? ¿O por sus irregularidades de su ciclo?