Baja por it y mi contrato termina

El día 28/09/2016 me contrataron 3 meses, a los 15 días me empecé a sentir mal y me fue al hospital y al hacerme pruebas me enteré que estoy embarazada, mi sorpresa fue que mi embarazo era de 11semanas y al hacerme una ecografía nucal el día 20/10/2016 me dijeron que no estaba de esas semanas si no de 14.

El día 23//10/2016 nos comunica la empresa que van a cambiar de dueños y que la nueva empresa nos va a subrogar a todos respetando nuestros contratos firmados con la empresa vieja, yo sigo con lumbargia, disnea y náuseas debido a los esfuerzos de mi trabajo y mi médico me propone darme la baja por it el día 25/10/2016 yo le digo que voy a comentarlo a mi encargada para ver si es posible que me cambien de puesto sin tener que coger la baja, ella me dice que igualmente tendría que estar 9 horas de pie cargando el mismo peso puesto que no hay otro puesto en la empresa para mi pero que no me preocupara que me ayudarían los compañeros en la medida de lo piposible y que iva a preguntar a los nuevos jefes que que tenían pensado hacer conmigo y les comentar la mi situación para un cambio de puesto después de subrogarme, nuestra sorpresa es que los jefes nuevos le dicen que no van a contar conmigo a tan sólo 2 días de la subrogación entonces decido cogerme la baja puesto que mi puesto iva a ser el mismo y el día 27/10/2016 me dan la baja por lumbargia, disnea y náuseas y la empresa nueva deja de prestar servicios en mi centro de trabajo el día 28/10/2016 cuando a mi todavía me queda de contrato hasta el día 25/12/2016.

¿Mi pregunta es que si deciden despedirme antes de finalizar mi contrato puedo seguir cobrando la baja por it y si no lo finalizan antes y esperan al día 25/12/2016 sigo también cobrando la baja? ¿Y si finaliza en una fecha u otra tengo que hacer algún trámite o eso sigue como estaba? Y otra cosa más los partes de confirmación a quien tengo que seguir dándoselos a la empresa con la que me dieron la baja, no entiendo nada ni se que tengo que hacer.