No acabo de entender a lo que te refieres con "y alquilar posteriormente la empresa".
No sé si tu duda es sobre si sería más favorable alquilar como persona física que como SL o tu duda viene sobre la fiscalidad en concreto de la aportación a la sociedad del inmueble.
Te voy a responder a la segunda. De todas todas lo más conveniente es que lo aporte como capital social a la Sociedad. La sociedad pagará únicamente por "operaciones societarias" (no recuerdo ahora si está en el 1 % o el 2 % del capital aportado, es decir del valor del inmueble).
Ojo, y muy a tener en cuenta es la posible plusvalía generada en la aportación de este inmueble. El inmueble tendría un valor de compra X en su día, ahora habrá que asignarle un valor Y "de mercado" para la aportación. Yo me guiaría por tablas publicadas por cada Comunidad Autónoma para asignarle un valor(salvo que podamos demostrar el valor de mercado de otro modo, tasación o similar).
Esta persona, a su vez, tributará en su declaración de IRPF por la diferencia entre X e Y. Esta diferencia se integrará en la base imponible del ahorro del declarante.
Ojo también con las plusvalías que aplican los municipios (también llamado "incremento del valor de los terrenos).