Me pagano por kilómetro si no llego la nómina estoy obligado al devolver la diferencia?

Debería saber algún dato mas. Por ejemplo, ¿es trabajador por cuenta de la empresa, o es Vd. autónomo?

¿Le aparecen en la nómina varios conceptos, por ejemplo, salario base, plus por objetivos cumplidos, etc.?

Estos datos son fundamentales porque la obligación de pagar un salario nace directamente del contrato de trabajo. Y, además, es evidente la función "vital" que posee el salario (recogida en el art. 35.1 de la Constitución). Por lo que, por esa "función vital" del salario, el legislador ha posibilitado su regulación, tanto en convenio colectivo como en la propia Ley.

Por eso resulta, cuando menos extraño que a Vd. le paguen el salario "solo" en función del cumplimiento de unos factores, en este caso, kilómetros realizados.

Téngase en cuenta que la fijación de un salario, si bien corresponde al empresario, éste siempre tendrá que respetar la regulación del artículo 3.1.c del ET, en especial la parte que dice: “...sin que en ningún caso pueda establecerse en perjuicio del trabajador condiciones menos favorables o contrarias a las disposiciones legales y convenios colectivos”.

El concepto de salario ha sufrido una evolución importante debido a la anterior discusión sobre los conceptos estricto y amplio del salario.
En el artículo 37 de la Ley de Contrato de Trabajo de 1944 se ofrecía un concepto sumamente amplio, al regularse que el salario sería la totalidad de los beneficios que obtuviera el trabajador por sus servicios u obras, lo que permitía incluir las indemnizaciones por despido.
En el anterior artículo 26 del primer Estatuto de los Trabajadores, de 1980, se distinguía entre el salario conformado por el salario base y los complementos salariales, además de determinadas percepciones extrasalariales, entre las que se incluían las indemnizaciones por gastos y suplidos, las prestaciones de la Seguridad Social y las indemnizaciones por traslados, despidos o suspensiones.
En la actualidad, el artículo 26.1 del vigente ET regula que se considerará salario la “totalidad de las percepciones económicas de los trabajadores, en dinero o en especie, por la prestación profesional de los servicios laborales por cuenta ajena, ya retribuyan el trabajo efectivo, cualquiera que sea la forma de remuneración, o los períodos de descanso computables como de trabajo”. Por esta razón, el salario puede ser definido como la retribución del trabajo por cuenta ajena, de naturaleza principalmente pecuniaria, aunque se permite el pago en especie con el límite legalmente establecido, y, por tanto, de manera secundaria.

Por ello, a mi modesto juicio, y sin perjuicio de ampliar esta contestación cuando me facilite datos, entiendo que el kilometraje (una retribución por kilometraje) puede constituir en cualquier caso un incentivo, un suplido, un plus de objetivos, etc. Pero de ninguna manera debería influir en una parte primordial del salario, cual es el Salario Base, que se entiende como la porción irrenunciable del salario, dada su naturaleza, como hemos dicho, de "función vital"; esto es, la parte absolutamente imprescindible para el aseguramiento de la supervivencia del trabajador. Sé que suena un poco fuerte, pero las cosas se "ven" mucho mejor cuando tienden al absurdo.

Espero sus datos. No obstante, celebraría haberle ayudado.