Todo depende del dinero que le abonen de una forma u otra, en caso de trabajar por cuenta ajena (trabajador) la empresa es la que asume el coste las cotizaciones a la seguridad social, por lo que el sueldo será menor, en caso de autónomo, es usted quien asume esos costes por lo que la empresaria deberá abonarle un suplemento para compensar esos coste si que asume usted directamente.
Por otro lado, comentarle que para que pueda realizar el trabajo de forma autónoma, usted debe ser el encargado de su actividad, con esto quiero decir que debe de seguir sus propios horarios, instalaciones, organización... en caso contrario podría ser considerado como un trabajador por cuenta ajena y no estaría encuadrado en el régimen correcto.