A la pregunta del título "Debe pagar IVA una Comunidad", la respuesta es que SÍ.
Pero luego, su pregunta se aparta de esta pregunta y plantea una cuestión (o varias) bien diferente.
Por una parte, el Presidente y el Administrador no pueden ocultar valoraciones, informes periciales, ofertas, presupuestos, facturas, ni ningún otro documento de la Comunidad a sus miembros (comuneros). Si los vecinos quieren conocer un presupuesto o una valoración de daños, están en su derecho y es obligación del Presidente facilitarlo.
En cuanto al caso de que hayan sido indemnizados por un importe que no incluye el IVA, es algo que puede suceder. Si fueron indemnizados en base a un presupuesto, en lugar de a una factura, cabe la posibilidad de que no se les abone el IVA, puesto que no hay garantía de que la reparación se vaya a realizar y la indemnización no puede suponer un enriquecimiento injusto para el asegurado. Así, si la obra no se realiza, el asegurado ha percibido únicamente el importe de la valoración de los daños, como le corresponde por derecho, pero no debe percibir además el importe del IVA, que no le pertenece.
Si les indemnizan en base a una factura, con su IVA, es diferente, porque el IVA se abona al profesional que realiza la obra y que ya lo regulará, como el resto de sus obligaciones fiscales.
Podrían tratar de recuperar el IVA presentando ahora la factura. Hablen con su seguro, a ver si les echa una mano.