Yo te diría, que además, dado que les parece bien, que te informen de las posibilidades, y también, si te parece bien (o te informas en otro sitio), que te informen de las normas exactas.
La excedencia creo que tiene una duración mínima de 4 meses. Y creo que para pedir la baja tienes que estar en activo (con la excedencia entiendo que no estás en activo). Estando embarazada, quizá la excedencia te condicione, si hubiera un motivo para pedir una baja, o posteriormente la baja maternal. De todo esto puedes preguntar, e ir a leer la norma al respecto.
Puedes hablar con tu médico, ya que el tribunal va a decidir sobre tu estado permanente, me imagino, pero ahora puntualmente tienes una situación distinta por el embarazo, etc. Quizá puedas pedir una baja laboral por otro motivo.
No sé si podría haber algún permiso de uno, dos o tres meses; no lo he visto. En tu caso, mínimo de 4 meses quizá sea mucho, aunque no cabe duda de que a lo mejor eso te evita papeleo y te da tranquilidad.
Como dices, a ellos no les vendría bien que volvieses dos meses, para luego coger una baja. Pero creo que de dos meses no te puedes pedir un permiso. Como te dije, la excedencia es mínimo 4 meses, creo (sobre los datos exactos, tienes que consultar).