Si me lo permite, la mera letra de la ley civil y su aplicación, jamás dará respuesta completa a un asunto como este.
Disculpe si he resumido (no aplicándolo directamente a la situación, sino que en general), pero es un hecho, una realidad, que si la persona no se guía por el amor de verdad, para lo cual hay que esforzarse, y poner los medios, necesariamente va a guiarse por sus intereses o vanos o desordenados, que los filósofos han agrupado acertadamente en tres grupos que son placer, poder y tener, lo que se llama la triple concupiscencia, intereses de muy variados tipos, y que generalmente están interrelacionados.
Por supuesto que el Sacramento del Matrimonio da la gracia que permite vivir todas las obligaciones del matrimonio; aunque por supuesto que no lo hace todo, ya que se necesita la colaboración de la persona. Las personas tienen que estar unidas en Jesucristo, unidas por el amor de verdad; los intereses realmente no unen, y aunque pudieran coincidir entre varias personas durante un tiempo prolongado nunca son auténticamente constructivos, nunca se busca por ejemplo el bien de verdad de la otra persona por encima de intereses vanos o desordenados, sino que más bien siempre se quiere algo de la otra persona para sí.
Como católica que veo que eres, el asunto es de bastante trascendencia, ya que está mucho en juego. No cabe duda de que si no se recapacita sobre esto, pues dentro de unos años puede haber otras personas, otros hijos, y no cabe duda de que esto va desdibujando cada día más por ejemplo el cuidado que ese niño necesita (no digo que lo anule, por supuesto).
Dices que no coinciden en ideas y actitudes. Yo te diría que cualquier decisión importante tiene que tomarse desde el amor de verdad, y estando en gracia de Dios. Como dices se conocen desde hace muchísimos años y tienen un hijo. Si no se rectifica, considero que siempre quedará la duda de lo que pudo haber sido. Por supuesto que ahora tienen una obligación con su hijo, que debe ser un motivo muy de peso (por supuesto que para hacer las cosas bien).
Yo te diría que animes a tu hermana a la Confesión Sacramental, y procurar que decida desde la caridad, desde el amor de verdad. Quizá no pierda nada pensando en un noviazgo como Dios manda. Sin duda verá las cosas de forma diferente. Por supuesto que si luego ver que no es Voluntad de Dios el que contraiga matrimonio, ya sería otra cosa.
P.D. Como todavía están en la misma casa, si me lo permite, podrían hablar con un Sacerdote. Quizá sería posible vivir como hermanos bajo el mismo techo, por las obligaciones que tienen con el niño, y para no dar lugar por ejemplo a escándalo, si es que ven la posibilidad de intentarlo con un noviazgo vivido como Dios manda. Siempre que se vea que es posible esto, claro.
La reacción de él hay que mirarla generosamente (en general, no todo el mundo reacciona de la mejor manera cuando ve que todo se le desmorona, o asuntos importantes se le vienen abajo). Considero que a él también hay que ayudarlo.