Compra de vivienda cerca de un arroyo

Estoy muy interesada en comprar una vivienda en terreno rústico en un pueblo de Málaga (unos 300m de parcela y una pequeña casa de 40m2 aprox). Antes de nada he pedido al dueño actual de la casa que me "certifique" que todo está en regla.

La antigüedad de la construcción es de unos 20 años y consta de escrituras. En su día obtuvo el permiso de obras del Ayto correspondiente. En principio todo normal.

El caso es que el dueño ha solicitado en dicho Ayto a día de hoy un certificado de que todo lo referente a esta construcción está al día y se lo han denegado argumentando que no es el órgano competente para dar dicha certificación, que hay algún incumplimiento con "aguas" y podría existir una posibilidad remota de demolición.

A falta de más datos, pues el dueño está recabando más información, no he podido evitar leer acerca del tema "aguas" y la única conclusión que saco es que la casa se encuentre en la zona llamada "de policía", es decir, zona de Dominio Público Hidrológico, a menos de 100m del arroyo, pues calculo que la distancia respecto a este es de unos 15, 20m.

A partir de aquí me asaltan varias dudas, contando con que el problema sea este:

En caso de que el dueño en su día solicitase permiso de obras al ayto, pero no a la Confederación Hidrográfica correspondiente (necesario según me he estado informando), ¿cabe posibilidad de solicitarlo ahora? ¿Podrían denegarlo? En caso de que se denegase, ¿cabe sanción u orden de derribo? ¿Prescribe en algún caso esta irregularidad?

Aunque entiendo que el dueño de la casa actúa de buena fe, me gustaría informarme por otras vías así que también agradecería que me recomendasen a qué órganos puedo dirigirme para solicitar información.