Lo primero recomendarle se ponga en manos de un experto que le ayude con su caso concreto, para evitar problemas futuros.
Ha de hablar primero con su entidad financiera, para ver que opciones de hipoteca le dan, pues no es lo mismo comprar un piso que un terreno...
En cuanto al tema fiscal, si compra con un crédito hipotecario, hay una tasación y este es uno de los valores a tener en cuenta fiscalmente. Luego ha de tener en cuenta el valor catastral (con los posibles coeficientes) o el valor en tablas de su comunidad autónoma. Sobre el mayor de ellos es sobre el que se ha de tener en cuenta.
El dinero en B, que seria la diferencia, parece muy elevada, y supone un problema tanto para usted como para el vendedor. Debido a los controles de prevención de blanqueo de capitales de las entidades financieras, notarios y hacienda.
Además, si en el futuro usted quiere vender, generará mayor incremento patrimonial, al no poder deducirse la parte en B.